Главной особенностью местной акватории является ее расположение на стыке трех мощных океанических течений, включая антарктические и тропические потоки Тихого океана. Этот природный «плавильный котел» смешивает холодные и теплые массы воды, формируя климат с выраженными засушливыми периодами: до восьми месяцев в году на островах может полностью отсутствовать дождевая влага. Географически архипелаг вытянут с севера на юг на 300 километров.
Географическая изоляция сформировала специфическую биоту, где многие представители фауны и флоры развивались в замкнутой среде и не встречаются за пределами архипелага.
Доминирующей флорой засушливых зон стали гигантские кактусы опунции, достигающие 10 метров в высоту и обладающие одревесневшим стволом. Наземная фауна включает 9 видов эндемичных млекопитающих, сухопутных ящериц и знаменитых долгоживущих галапагосских черепах, способных существовать более двух веков.
Птичий мир насчитывает около 60 видов, половина из которых изолирована на островах. К ним относятся галапагосские канюки, голуби, маскированные олуши, нелетающие бакланы и 13 разновидностей вьюрков. Из-за холодных подводных течений здесь также обитает изолированный вид пингвинов.
Океанические воды населены многотысячными косяками тропических рыб, каранксами, морскими львами и котиками. Из рептилий выделяются морские игуаны, которые ищут пропитание на морском дне, погружаясь на глубину до 10 метров. Также в акватории встречаются дельфины-афалины и киты.
В 1835 году острова посетил естествоиспытатель Чарльз Дарвин. Его детальные наблюдения за поведением и анатомией местных вьюрков, черепах и рептилий послужили отправной точкой для формулирования фундаментальной теории естественного отбора.
Погружения в этой зоне требуют опыта из-за глубины, непредсказуемых водоворотов и сильных течений. Профильные магазины или крупные сервисные центры на островах отсутствуют, поэтому все необходимое снаряжение дайверы привозят с собой. Ключевым местом в центральной части считается скала Рокас-Гордон у острова Санта-Крус, а на севере — рифы Казенз.
Наиболее востребованными точками для наблюдения за крупными пелагическими рыбами признаны отдаленные острова Дарвин и Вулф. В их окрестностях фиксируются массовые скопления молотоголовых и бронзовых акул.
Регион включен в список Всемирного наследия ЮНЕСКО, и антропогенное воздействие здесь минимизировано. Любые перемещения по территории разрешены исключительно в сопровождении лицензированных проводников в составе официальных групп, а собираемые властями Эквадора повышенные пошлины идут на поддержание местной экосистемы.
